Department of Natural Sciences The Hebrew University of Jerusalem The Open University of Israel Shoham - The Center for Technology in Distance Education home page Continuous Symmetry Measures

עזרה טכנית לתוכנת Jmol

Jmol הינה תוכנת קוד פתוח מבוססת JAVA המיועדת לצפייה במולקולות, ביומולקולות וגבישים באופן תלת-ממדי. לתוכנת Jmol יש תפריט משלה המאפשר מעבר בין צורות תצוגה שונות של המולקולה. לחיצה על הלחצן הימני בעכבר פותחת תפריט הנותן מגוון אפשרויות להצגת המולקולה. להלן מפורטות כמה מהאפשרויות החשובות בשימוש בתפריט Jmol. פרטים נוספים אודות התוכנה ניתן למצוא באתר של Jmol בכתובת http://jmol.sourceforge.net.

  1. Model - אפשרות זו פעילה רק כאשר הקובץ מכיל יותר ממודל אחד. באפשרות זו ניתן לעבור ממודל אחד לשני או לראות אותם ביחד.


  2. Select - באפשרות זו ניתן לבחור אטום אחד או יותר במולקולה. בחירת האטום או האטומים מאפשרת שינויי צבע, הצגת תוויות והפעלת פעולות נוספות על חלק מהמולקולה.


  3. Style - פתיחת תת-תפריט עם אפשרויות עיצוב שונות. ביניהן:


    1. Scheme - בחירת סכימת ייצוג של האטומים והקשרים הכימיים:
      • Ball & Stick - הצגה באמצעות כדורים ומקלות: המקלות מייצגים קשרים כימיים והכדורים - אטומים.
      • Wireframe - הצגה באמצעות קווים המייצגים קשרים כימיים. הקדקודים מייצגים אטומים.
      • Sticks - הצגה באמצעות מקלות עבים המייצגים קשרים כימיים. הקדקודים מייצגים אטומים.
    2. Atoms - באפשרות show hydrogen ניתן לראות או להסתיר את אטומי המימן. לחיצה על Off מסתירה את כל האטומים מהתצוגה. באפשרות van der Waals 15%-100% ניתן לשלוט על גודל הכדורים המייצגים אטומים.
    3. Labels - תצוגה של שמות האטומים במולקולה והמספר הסידורי שלהם.
    4. Bonds - בחרו ב-Off או On להסתרה או לתצוגה של הקשרים הכימיים במולקולה. ניתן לבחור את עובי הקשר בטווח שבין 0.10Å ועד 0.30Å.
  4. Color - תפריט זה מאפשר שינוי צבע של האטומים, הקשרים הכימייים ופרטים נוספים על המסך. ברירת המחדל של התוכנה היא סכימת הצבעים של CPK. שיטת סימון זו פותחה בידי Corey ו-Pauling ומאוחר יותר שופרה בידי Koltun (מכאן CPK), ושימשה במקור לסימון אטומים במודלים מולקולריים מפלסטיק. צבעי האטומים מוצגים בטבלת הצבעים באתר של Jmol http://jmol.sourceforge.net/jscolors.


  5. Zoom - שינוי גודל המולקולה במסך Jmol. אפשר לשנות את הגודל גם בעזרת הגלגלת של העכבר.


  6. Spin - סיבוב אוטומטי של המולקולה סביב ציר ה-Z. להתחלת הסיבוב יש ללחוץ על On. לחיצה על Off עוצרת את תנועת המולקולה.


  7. Measurement - מדידה של אורכי קשר, זוויות קשר וזוויות פיתול. לחישוב אורך הקשר יש ללחוץ על click for distance measurement, ולאחר מכן יש ללחוץ על שני אטומים במסך. שימו לב כי שם האטום הנבחר והמספר הסידורי שלו מופיעים בשורת המצב של דף ה-html. אורך הקשר מופיע על המסך בין שני האטומים שנבחרו. לחיצה חוזרת על שני האטומים מוחקת את אורך הקשר. לחישוב זוויות הקשר יש ללחוץ על click for angle measurement, ובשלב הבא יש ללחוץ על שלושה אטומים במסך. לחישוב זווית הפיתול יש ללחוץ על click for torsion (dihedral) measurement, ובשלב הבא יש ללחוץ על ארבעה אטומים במסך. לחיצה על האפשרות delete measurements מוחקת את כל המדידות שנעשו במסך.


  8. Show - תפריט המאפשר שמירה של הקובץ מתוך חלון Jmol. לחיצה על file content פותחת חלון חדש המכיל את תוכן הקובץ. לשמירת הקובץ יש להעתיק ולהדביק את הטקסט לתוך תוכנת עריכת טקסט (כגון Notepad) ולשמור את הקובץ עם הסיומת pdb.





all rights reserved The Open University of Israel.